报告题目：染色质结构表征算法开发及应用
报告时间：2022年3月24日，周四，10:00 AM
腾讯会议：917-801-753
报 告 人：陈河兵副研究员 军事科学院军事医学研究院、北京市科技新星
摘 要：
人细胞内的染色质结构非常复杂，长度2米左右的DNA缠绕在微米级别的细胞核中，在高度复杂的结构中有序地行使着转录、复制、修复等功能，调控着复杂的基因表达系统。单细胞数据显示，染色质结构随时间动态变化，并且相同类型细胞的染色质结构也可能存在异质性。那么，如何表征那些能够影响基因表达甚至引起疾病的染色质结构变化呢？围绕这个问题，我们从染色质结构的基本单元——染色质拓扑关联结构域（topologically associated domain，TAD）入手，对染色质结构进行定性、定量表征，并挖掘TAD相关的肿瘤标志物：1）构建了染色质开放致密度指标SDOC来表征TAD的活跃程度；2）基于TAD边界改变和转录异常，构建了TARGET计算框架来筛选癌基因；3）基于TAD层级结构的变化，定义了TH score指标，发现基因的TH score变化与肿瘤的恶性表型及不良预后显著相关。
个人简介:
陈河兵，军事科学院军事医学研究院副研究员，北京市科技新星。主要研究染色质的结构和功能，运用深度学习等方法开发三维基因组计算方法并加以应用。作为负责人承担国自然青年项目、面上项目以及军委科技委等多项课题，以第一或通讯作者（含并列）在Nature Machine Intelligence、Nucleic Acids Research、PLoS Computational Biology、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等专业期刊发表研究论文20篇，授权中国发明专利4项。担任《Quantitative Biology》期刊“三维基因组”专刊特邀编辑，兼任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会委员、中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会委员。
